Los orígenes de la Agrupación Musical Virgen de la Amargura se remontan a la veterana Banda de Cornetas y Tambores de la Pasión, de la que es heredera directa. Los inicios de ésta son inciertos y se pierden en el tiempo, aunque se pueden atestiguar ya en los años 40. De hecho, en el año de fundación de la sección de nazarenos de la Archicofradía de la Pasión, 1947, pudo verse procesionando junto a ésta al menos a un tambor como acompañamiento musical. En cualquier caso, parece que no fue hasta mediados de los 50 cuando la Banda empezó a tomar forma como tal. Es probable que en 1955 o 1956 ya se hubiera formado el embrión de lo que sería la Banda, aunque no encontramos referencia escrita hasta 1958, concretamente en la crónica de El Diario Montañés sobre la Procesión del Encuentro de ese año, que relata el paso de la Virgen de la Amargura acompañado por una batería de trompetas, cornetas en realidad, y tambores. Ni siquiera se menciona el nombre de la banda en cuestión, y al año siguiente vuelven a desaparecer las referencias a la misma en la prensa.

El impulso definitivo a la nueva Banda de Cornetas y Tambores llegaría de la mano del padre Pedro en 1960, contratando entonces los servicios musicales de Basilio Gomarín Girado para la dirección del conjunto.  A partir de entonces la Banda de la Pasión empieza a figurar recurrentemente en la prensa acompañando a su cofradía. Hasta 1966 procesionó con los hábitos penitenciales de la sección de nazarenos, estrenando ese año su primer uniforme de chaqueta morada y gorra de plato.

Los ensayos se realizaban en un principio en la huerta del convento de los Padres Pasionistas, construcción neogótica que poco después sería derribada para dar paso al edificio actual. Sin embargo, en el mismo año de 1966, debido a desavenencias con los padres, la Banda fue mandada a ensayar fuera del recinto, al puerto, lo que provocó la dimisión de Gomarín en 1969, al que, además, se le habían suprimido sus honorarios. La Banda continuó funcionando a duras penas sin su director y ensayando en plena calle, pero la situación, cada vez más insostenible, llegó a su punto álgido el día de Martes Santo de 1972, cuando los componentes de la Banda se negaron a procesionar al no disponer de unas condiciones decentes para el ensayo. A raíz de ello se consiguió volver a la parroquia, con el nuevo edificio ya construido, cediéndose el garaje para los ensayos musicales.

El desánimo y la falta de interés por mantener al conjunto hicieron mella en la Banda, que, a pesar de haber conseguido volver a ensayar a resguardo, entró en un periodo de letargo del que no saldría hasta el año 1979. Fue entonces cuando tres de los componentes más veteranos, Telesforo Molpeceres Regidor, José Ramón Sierra de la Fuente y Eduardo López Sotelo, tomaron las riendas, reorganizaron la Banda y le insuflaron nueva vida. Comenzó entonces uno de los periodos más brillantes de su historia, que se alargó durante más de una década e hizo que la Banda protagonizara multitud de eventos en el barrio, en la ciudad e incluso en la región y fuera de ella. Gracias a Foro, siempre recordado, disponemos de una extensa crónica de esta época, recogida en varios cientos de páginas minuciosamente redactadas.

Aparecieron en estos años en la Banda las cornetas con transpositor. También llegó una multitud de chavales del barrio y de fuera de él que formaron una auténtica escuela musical a partir de la que se generarían nuevas bandas procesionales en la ciudad. La Banda fue creciendo y acumulando decenas de actuaciones anuales, incluyendo en sus filas a mujeres por primera vez en el año 1993.

Desgraciadamente, la sucesiva marcha de la Banda de sus principales valedores, concluida con la de Foro a principios de 1994, sumió al conjunto en una decadencia creciente que tocó suelo con el cambio de milenio, cuando se encontró al borde de la desaparición. Sin embargo, la oportuna aparición de Manuel Ángel Gómez Sampedro, antiguo miembro, e Isidro García, vallisoletano con gran tradición en el mundo de la música procesional, dio vida de nuevo a la Banda. Juntos capitanearon su refundación, poniéndola bajo la advocación de la Virgen de la Amargura, e invitando a viejos componentes a unirse a la misma. Los cambios se sucedieron rápidamente, tanto en la uniformidad como en el estilo musical, convirtiéndose la veterana Banda de Cornetas y Tambores en la primera Agrupación Musical de Santander pasada la Semana Santa de 2006. El conjunto se enriqueció progresivamente con la inclusión de trompetas, fliscornos, trombones, tuba y bombardinos, entre otros.

Lamentablemente, Isidro tuvo que decir adiós a la Agrupación en 2010, al igual que haría Manolo en 2016. La enorme labor que dejaron tras de sí, fundamento esencial de la actual Agrupación Musical, fue continuada desde la marcha del segundo por Miguel Echevarría Bonet y Fernando Vitienes Santana, que a partir de 2018 continúa en solitario. En esta última etapa se ha apostado por profundizar y ampliar lo conseguido hasta la fecha, aumentando el número de instrumentistas y la riqueza musical con nuevas voces y composiciones más trabajadas.

Igualmente, se ha tratado de dotar a la Agrupación de una identidad más definida y una mayor solidez organizativa, para lo que ha ha sido crucial la fundación de la Asociación Musical y Cultural San Miguel como marco jurídico. 

Desde finales de 2019, la Agrupación Musical fue recibida con los brazos abiertos por la Organización Juvenil Española (OJE), quien permitió a esta formación tener una nueva sede y local de ensayo.

En la calle Navarra, dentro del santanderino barrio de Porrúa, se continúa trabajando, buscando seguir mejorando y creciendo.